故事一开始就是追杀。哈利在17岁生日前离开德斯里家，凤凰社的6个成员服用分身药化成哈利的样子，但真正的哈利还是被认了出来，伏地魔和食死徒半途攻击，但哈利的魔杖毁损了伏地魔的魔杖，在付出惨重代价(多人丧生)后终于逃脱。
几天后魔法部长给哈利、罗恩和赫敏带来邓布利多的遗赠。第二天比尔和芙蓉婚礼，婚礼上传来消息说伏地魔攻占了魔法部，哈利三人辗转躲入格里莫广场12号布莱克家的老房子。侦查了一个月之后，三人潜入魔法部偷出魂器，同时他们发现有麻瓜血统的巫师正受到审问和迫害，就解救了几名麻瓜血统的巫师。但他们的行踪也暴露，三人只得逃往农村。
几个月后，三人听说古灵阁妖精银行里的葛来芬多剑是赝品，而真正的剑被邓布利多用来摧毁一个魂器后不知所终，哈利打算去找剑，但是罗恩反对，与哈利大吵一架后离队。哈利和赫敏还是决定前往高迪克山谷。在高迪克山谷，两人遇到一个老妇，自称是邓布利多家的老朋友，跟她回家。谁知老妇是毒蛇娜吉妮假扮的，幸好两人机警逃生。
两人终于在一只雌鹿的带领下找到葛来芬多剑的隐藏处。哈利潜水寻剑，但身上的魂器却缠住脖子，差点把他溺死。关键时刻罗恩出现救起哈利，也把剑捞出来摧毁了魂器。赫敏发现了下一步的任务：找到卢娜·洛夫古德的父亲讨教一路上出现过多次的格林沃德记号的涵义。
在洛夫古德家中，三人了解了三件死亡圣物的传说。卢娜被魔法部抓走，她的父亲为救女儿告了密，三人再度惊险逃生，但哈利相信只要收集齐三件死亡圣物就能打败伏地魔。接下来几星期搜寻圣物和魂器无果，他们搜到一个电台在讲现在发生的事， 哈利一不小心吐出“伏地魔”三个字。这三个字是“禁忌”，被魔法标记，一说出来就会被食死徒找到。
三人就这样被抓到马尔福家，经受审讯、折磨。哈利用魔镜的碎片向多比求救，他们杀死虫尾巴后迅速逃跑，没有遇上正匆匆赶来的伏地魔，可惜的是多比被杀……